Zwei Punkte sind mir noch aufgefallen:
1. Roland hat mich mal drauf hingewiesen, dass die Lexankarossen manchmal Probleme beim durchfahren verursachen. Durch die dünne Karosserie würden die Lichtschanken nicht richtig unterbrochen!
2. Dieser Punkt ist eher unwahrscheinlich bei deiner langen Bahn. Bei meiner kurzen ist es mir wirklich passiert: Die Mindestzeit zwischen 2 Signalen hatte ich zu lang gewählt. Dadurch fuhren die Autos schneller durch die Lichtschranke und es erfolgte kein Zählimpuls. Dachte zuerst was ist denn jetzt los:@, bis ich drauf kam

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Ansonsten die Lichtschranken so nah wie möglich an die Schienenkontakte ran.
Wenn es dann immer noch nicht richtig funktioniert, Elektronik prüfen! Nutzt Du die Onboard-Elektronik oder hast Du eine eigene aufgebaut? Bei Onboard einfach mal die Spannung an den Pins des IC's prüfen, ob die korrekt ist (Eingang und Ausgang)!
Gruß
Thomas
Dumm geboren, nichts dazugelernt und davon die Hälfte vergessen, aber immer lernfähig ;-)